Да, можете. Налоговая инспекция не вправе отказать в выплате налогового вычета из-за наличия задолженности по транспортному налогу.
Однако, налоговый орган вправе зачесть сумму вычета в счет уплаты задолженности по налогам и выплатить заявителю разницу. Об этом говорится в части 6 статьи 78 Налогового кодекса.
Если же у гражданина нет долгов, то выплатить имущественный вычет инспекция обязана в полном размере.
Таким образом, наличие задолженности по транспортному налогу не влияет на право налогоплательщика в получении имущественного налогового вычета. Отказ в возврате переплаты по НДФЛ будет неправомерен.
Если вы столкнулись с такой ситуацией, то вы вправе обжаловать отказ в вышестоящий налоговый орган. Подать жалобу можно лично, по почте, через личный кабинет налогоплательщика на сайте ФНС России или через портал Госуслуг.